불구속 기소에도 불구하고 2004년 열린우리당으로 출마하여 압도적인 표차로 당선된 신계륜은 2008년 대선 패배 후 열린우리당에 참여하지 않고 민주당에 남아있던 사람들에게 주목했다.
대선 패배 후 대통합민주신당(열린우리당 후신) 대표에 취임한 손학규 대표로부터 사무총장으로 임명된 신계륜은 취임하자마자 즉시 양당의 통합을 추진했다. 그는 끈질긴 야권통합으로 김대중 대통령의 당선에 기여했듯이, ‘지옥에서 천당’을 오가며 노무현, 정몽준 후보 단일화 협상을 끝내 성공시켰듯이, 이번에도 그는 협상단장을 맡아 양당을 통합시켜 통합민주당(지금의 민주당)을 탄생시키고 초대 사무총장에 취임했다.
그리고 그는 기획단장, 선대본부장을 맡아 제 18대 총선 준비를 끝냈지만 정작 자신은 당 지도부와 공심위의 의견충돌로 공천을 받지 못하는 비운을 다시 겪었다.